苏州分子模拟软件培训总结

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在7月27号到30号的三天时间里，在孙老师的全力支持和鼓励下，我有幸参加了由创腾科技公司在苏州举办的Material Studio模拟软件培训课程。该课程主要是针对分子动力学模拟部分，讲述经典模拟方法在材料模拟中的应用，主要涉及到Material Studio中用于搭建模型的Visualizer模块、用于搭建无定形结构的Amorphous Cell模块和进行分子动力学模拟的主要模块Forcite，这些模块正是我现在工作主要涉及到的几个模块。
首先要说明的一点就是通过这次培训我学到了很多，不仅仅是有关软件的应用，还有一些关于基础理论方面的知识，弥补了之前由于理论方面的缺乏而造成的一些疏漏。整个培训过程中经常提到一些建模和模拟方面的小技巧和新思路，而且课后和自由交流的时间里两位培训老师对问题的详细回答和指导也使我收益匪浅，解决了以前在自己学习软件时遗留下来的许多问题。
由于前面自学过一段时间的软件，参加本次培训主要是带着自己的问题去的，同时也是想对前面自学的内容进行一次总结，查缺补漏。在三天的培训过程中，发现在许多自己已经熟悉的操作中往往存在许多不易察觉的疏忽和错误，例如在对均方位移曲线的分析中，由于后期统计样本的缺乏往往会出现波动或异常上升下降现象，为了避免该现象的出现，所以一般选取的时间间隔不会超过总模拟时间的一半，而在以前的模拟中我并没有注意到这一点。还有就是动力学模拟之前弛豫的重要性，这也是以前我所忽视的。
本次培训的主要内容包括：复杂模型的搭建、溶液环境的处理、动力学模拟中基本原理和参数的选择、模拟前的结构弛豫、复杂体系中特定功能基团的选择、体系能量的计算（包括表面能、相互作用能等常用能量）、材料基本结构参数的获取（包括键长、键角、二面角分布和演化分析；径向分布函数RDF；回转半径；体系浓度和密度分布；氢键统计等）、均方位移和速度自相关函数的获取和分析、聚合物自由体积分数的获取和分析、材料力学性质的获取（体模量、杨氏模量、剪切模量、应力-应变曲线）以及最后的Forcite模块中力场编辑。相对于上述丰富的内容，三天的时间显得十分紧迫，原定的9:00-18:00的上课时间被扩展为8:30-18：00，而且往往到19:00大家都不舍得离开，中午吃完饭后的一小时的休息时间也变成了热烈的答疑和讨论环节，让人不禁为这种浓郁的学习氛围所打动。
在本次的培训中，主要的收获包含下面几个方面：
1、开阔了搭建模型的思路，提升了复杂模型搭建的技巧
掌握了切割表面、在表面上添加吸附结构、AC模块中packing操作、build layers、create surface等构建复杂模型涉及到的操作。学会了纳米管、溶液体系、石墨烯等模型的构建，得以构建更复杂的水合物模型
2、掌握了水合物动力学模拟时常用的分析方法的使用
包括RDF、MSD、配位数、相互作用能、氢键等常用分析方法
3、明白了自己修改力场模拟水合物失败的原因，并提供了解决问题的新思路
4、了解了perl脚本的编写和使用，能够简单修改perl脚本达到自己的目的
特别感谢孙老师能够给我这一次培训的机会，不仅让我学到了更多的知识，同时也开阔了自己的视野，认识到了许多志同道合的朋友，而这也必将成为我人生得一笔宝贵财富。

sichuancj

获包含下面几个方面：
1、开阔了搭建模型的思路，提升了复杂模型搭建的技巧
掌握了切割表面、在表面上添加吸附结构、AC模块中packing操作、build layers、create surface等构建复杂模型涉及到的操作。学会了纳米管、溶液体系、石墨烯等模型的构建，得以构建更复杂的水合物模型
2、掌握了水合物动力学模拟时常用的分析方法的使用
包括RDF、MSD、配位数、相互作用能、氢键等常用分析方法
3、明白了自己修改力场模拟水合物失败的原因，并提供了解决问题的新思路
4、了解了perl脚本的编写和使用，能够简单修改perl脚本达到自己的目的
特别感谢孙老师能够给我这一次培训的机会，不仅让我学到了更多的知识，同时也开阔了自己的视野，认识到了许多志同道合的朋友，而这也必将成为我人生得一笔宝贵财富

海油是什么？

好厉害呀！！！

xdqasd21

不错哦~

我爱发明

期待楼主应用MS分子模拟利器，早日发布创新性成果！

justbetoo

看起来不错，好想参加

残花冷月情

太牛了 什么时候让孙总来北京举办个活动我也参加一下

xiaohuangyong

地平线

给我们讲讲

smartdou

孙老师牢牢把握着油气科技发展的前沿，新技术新方法值得推介。